Silverlight で URL エンコードを行うなら、System.Windows.Browser 名前空間にある HttpUtility クラスを使うといい。UrlEncode という、そのものズバリなメソッドが用意されている。
string result = HttpUtility.UrlEncode("エンコードしたい文字列");
WPF の時と同じ System.Web 名前空間にあると思いこんでいたから、参照の追加で System.Web アセンブリが一覧に表示されなくて、ちょっと焦ったのはヒミツ。