wkhtmltopdf-binary -11でインストールされる wkhtmltopdf だと、Heroku 上で canvas を描画できなかった。(2014/03/16 時点)
Mac OS X だと描画できるのに、なぜ Heroku ではできないんだ、って思ってたけど、ソースコードを読んで納得。Mac OS X と Linux で、呼び出している実行ファイルが違った。
wkhtmltopdf-binary と wkhtmltopdf-heroku では canvas を描画できることを確認。どちらも wkhtmltopdf 本体のバージョンは古いけど。